真菌分類表

真菌界（學名：Fungi，單數為Fungus，複數可為Fungi或Funguses[3]）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。

子囊菌門 （Ascomycota）

• Neolectomycetes
  • Neolectales
• Pneumocystidomycetes
  • Pneumocystidales
• Schizosaccharomycetes
  • Schizosaccharomycetales
  • 環境樣本
• Taphrinomycetes
  • Taphrinales
• Archaeorhizomycetes
  • Archaeorhizomycetales
  • 環境樣本
• Arthoniomycetes
  • Arthoniales
  • Lichenostigmatales
  • 目未定
• Dothideomycetes
  • Capnodiales
  • Dothideales
  • Myriangiales
  • Jahnulales
  • Mytilinidiales
  • Pleosporales
  • Botryosphaeriales
  • Microthyriales
  • Patellariales
  • Trypetheliales
  • 目未定及環境、菌根樣本
• Eurotiomycetes
  • Chaetothyriales
  • Pyrenulales
  • Verrucariales
  • Coryneliales
  • Arachnomycetales
  • Ascosphaerales
  • Eurotiales
  • Onygenales
  • Mycocaliciales
  • 目未定及環境樣本
• Geoglossomycetes
  • Geoglossales
  • 目未定
• Laboulbeniomycetes
  • Laboulbeniales
  • Pyxidiophorales
  • 目未定及環境樣本
• Lecanoromycetes
  • Acarosporales
  • Lecanorales
  • Lecideales
  • Peltigerales
  • Teloschistales
  • Agyriales
  • Baeomycetales
  • Ostropales
  • Rhizocarpales
  • Pertusariales
  • Candelariales
  • Umbilicariales
  • 目未定及環境樣本
• Leotiomycetes
  • Cyttariales
  • Erysiphales
  • Helotiales
  • Leotiales
  • Rhytismatales
  • Thelebolales
  • Medeolariales
  • 目未定及環境、菌根樣本
• Lichinomycetes
  • Eremothallales
  • Lichinales
• Orbiliomycetes
  • Orbiliales
• Pezizomycetes
  • Pezizales
  • 目未定
• Pneumocystidomycetes
  • Pneumocystidales
• Sordariomycetes
  • Coronophorales
  • Hypocreales
  • Melanosporales
  • Microascales
  • Boliniales
  • Calosphaeriales
  • Chaetosphaeriales
  • Coniochaetales
  • Diaporthales
  • Ophiostomatales
  • Sordariales
  • Lulworthiales
  • Xylariales
  • Phyllachorales
  • Trichosphaeriales
  • 目未定及環境、菌根樣本
• Saccharomycetes
  • Saccharomycetales
• 綱未定及環境、菌根樣本

擔子菌門 (Basidiomycota)

• Tremellomycetes
  • Cystofilobasidiales
  • Filobasidiales
  • Tremellales
  • Holtermanniales
  • 目未定
• Dacrymycetes
  • Dacrymycetales
• Agaricomycetes
  • Agaricales
  • Atheliales
  • Boletales
  • †Prototaxales
  • Amylocorticiales
  • Jaapiales
  • Lepidostromatales
  • Geastrales
  • Gomphales
  • Hysterangiales
  • Phallales
  • Auriculariales
  • Cantharellales
  • Corticiales
  • Gloeophyllales
  • Hymenochaetales
  • Polyporales
  • Russulales
  • Sebacinales
  • Thelephorales
  • Trechisporales
  • 目未定及環境樣本
• Agaricostilbomycetes
  • Agaricostilbales
  • Spiculostilbales
  • 目未定及環境樣本
• Atractiellomycetes
  • Atractiellales
• Classiculomycetes
  • Classiculales
• Cryptomycocolacomycetes
  • Cryptomycocolacales
• Cystobasidiomycetes
  • Cystobasidiales
  • Erythrobasidiales
  • Naohideales
  • 目未定
• Microbotryomycetes
  • Heterogastridiales
  • Kriegeriales
  • Leucosporidiales
  • Microbotryales
  • Sporidiobolales
  • 目未定及環境樣本
• Mixiomycetes
  • Mixiales
• Pucciniomycetes
  • Helicobasidiales
  • Pachnocybales
  • Platygloeales
  • Pucciniales
  • Septobasidiales
  • 目未定及環境樣本
• Entorrhizomycetes
  • Entorrhizales
• Ustilaginomycetes
  • Urocystales
  • Ustilaginales
  • 目未定及環境樣本
• Exobasidiomycetes
  • Ceraceosorales
  • Doassansiales
  • Entylomatales
  • Exobasidiales
  • Georgefischeriales
  • Microstromatales
  • Tilletiales
  • Malasseziales
  • 目未定及環境樣本
• Wallemiomycetes
  • Wallemiales
  • Geminibasidiales
  • 目未定
• 綱未定及環境、菌根樣本

芽枝霉門(Blastocladiomycota)

• Blastocladiomycetes
  • Blastocladiales
  • 目未定
• 環境樣本

壺菌門(Chytridiomycota)

• Chytridiomycetes
  • Chytridiales
  • Cladochytriales
  • Lobulomycetales
  • Polychytriales
  • Rhizophlyctidales
  • Rhizophydiales
  • Spizellomycetales
  • 目未定
• Monoblepharidomycetes
  • Monoblepharidales
• 綱未定及環境樣本

球囊菌門 (Glomeromycota)

• Glomeromycetes
  • Archaeosporales
  • Diversisporales
  • Glomerales
  • Paraglomerales
  • 目未定及環境樣本
• 綱未定及環境樣本

微孢子蟲門（Microsporidia）

本門包括以下綱：

• Microsporea
  • Chytridiopsida
  • Dissociodihaplophasida
  • Glugeida
  • Meiodihaplophasida
• Rudimicrosporea

綱、目的地位未定的科：

• Berwaldiidae
• Neopereziidae

綱、目和科的地位未定的屬：

• Alternosema Lipa, Tokarev & Issi, 2020
• Anisofilariata Tokarev, Voronin, Seliverstova, Dolgikh, Pavlova, Ignatieva & Issi, 2010
• Crispospora Tokarev, Voronin, Seliverstova, Pavlova & Issi, 2010
• Falcia
• Hamiltosporidium Haag et al., 2011
• Longicollus Georgévitch, 1957
• Mitosporidium
• Multilamina Becnel, Scheffrahn, Vossbrinck & Bander, 2013
• Nematocida
• Parahepatospora Bojko, Clark, Bass, Dunn, Stewart-Clark, Stebbing & Stentiford, 2017
• Paramicrosporidium
• Percutemincola Nishikori, Setiamarga, Tanji, Kuroda, Shiraishi & Ohashi-Kobayashi, 2018
• Spirospora
• Takaokaspora Andreadis, Takaoka, Otsuka & Vossbrinck, 2013
• Tylogonus

新美鞭菌門（Neocallimastigomycota）

• Neocallimastigomycetes
  • Neocallimastigales
• 綱未定及環境樣本

接合菌門 (Zygomycota)

• Zygomycetes
  • Endogonales
  • Mucorales
  • Mortierellales
  • Asellariales
  • Kickxellales
  • Dimargaritales
  • Harpellales
  • Entomophthorales
  • Zoopagales
  • 目未定

門未定及環境、菌根樣本

• 其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合DNA片段）