軟體動物分類表

軟體動物（Mollusca）可分為9個大綱，另有一綱的分類未明確，可能納入軟體動物門內，下表中帶†號的是化石類群。

單板綱（Monoplacophora）

• 罩螺目（Tryblidioidea）
• 古祐目（Archinacelloidea）†
• 弓殼目（Cyrtonellida）

無板綱（Aplacophora）

• 毛皮貝目（Caudofoveata）
• 新月貝目（Solenogastres）

多板綱（Polyplacophora）

• 古石鱉亞綱（Paleoloricata）†
  • 目（Chelodida）
  • 目（Septemchitonida）
• 石鱉亞綱（Loricata）/ 新石鱉亞綱（Neoloricata）
  • 鱗側石鱉目（Lepidopleurida）
  • 石鱉目（Chitonida）
    • 石鱉亞目（Chitonina）
    • 毛膚石鱉亞目（Acanthochitonida）

掘足綱（Scaphopoda）

• 角貝目（Dentaliida）
• 管角貝目（Gadilida）

雙殼綱（Bivalvia）

• 古列齒亞綱（Palaeotaxodonta）
  • 灣錦蛤目（Nuculoida）
• 隱齒亞綱（Cryptodonta）
  • 蟶螂目（Solemyoida）
• 翼形亞綱（Pteriomorphia）
  • 蚶目（Arcoida）
  • 貽貝目（Mytiloida）
  • 珍珠貝目（Pterioida）
• 古異齒亞綱（Palaeoheterodonta）
  • 三角蛤目（Trigonioida）
  • 河蚌目（Unionoida）
• 異齒亞綱（Heterodonta）
  • 簾蛤目（Veneroida）
  • 海螂目（Myoida）
• 異韌帶亞綱（Anomalodesmata）
  • 筍螂目（Pholadomyoida）

喙殼綱（Rostroconchia）†

• 利培殼目（Ribeirioida）
  • 利培殼科（Ribeiriidae）
  • 敏蜂殼科（Technophoridae）
• 強壯殼目（Ischyrinioida）
  • 強壯殼科（Ischyriniidae）
• 錐鳥殼目（Conocardioida）
  • 始翼殼超科（Eopteriacea）
    • 始翼殼科（Eopteriidae）
  • 錐鳥殼超科（Conocardiacea）
    • 錐鳥殼科（Conocardiidae）
    • 勃氏殼科（Bransoniidae）
    • 馬心殼科（Hippocardiidae）

腹足綱（Gastropoda）

主條目：腹足綱的譜系學分類

舊分類系統

• 前鰓亞綱（Prosobranchia）
  • 古腹足目（Archaeogastropoda）
  • 中腹足目（Mesogastropoda）
  • 新腹足目（Neogastropoda）
• 後鰓亞綱（Opithobranchia）
  • 翼足目（Pteropoda）
  • 囊舌目（Sacoglossa）
  • 無腔目（）
• 肺螺亞綱（Pulmonata）
  • 基眼目（Basommatophora）
  • 柄眼目（Stylommatophora）

新分類系統

• 前鰓類（Prosobranchia）
  • 珍珠蜑螺超目（Neritopsina）
  • 新進腹足超目（Caenogastropoda）
    • 吸螺目（Sorbeoconcha）
    • 主扭舌目（Architaenioglossa）
• 有肺類（Pulmonata）
  • 縮眼目（Systellommatophora）
  • 基眼目（Basommatophora）
  • 真肺目（Eupulmonata）

頭足綱（Cephalopoda）

• 鸚鵡螺亞綱（Nautiloidea）
  • 鸚鵡螺目（Nautiloidea）
  • 短棒角石目（Plectronocerida）†
  • 愛麗斯木角石目（Ellesmerocerida）†
  • 內角石目（Endocerida）†
  • 珠角石目（Actinocerida）†
  • 觸環角石目（Tarphycerida）†
  • 箭鉤角石目（Oncocerida）†
  • 桿石目（Bactritida）†
• 直角石亞綱 (Orthoceratoidea) †
  • 袋角石目（Ascocerida）†
  • 直角石目（Orthocerida）†
  • 疊盤角石目（Discosorida）†
  • 假直角石目（Pseudorthocerida）†
  • 喇叭角石目（Lituitida）†
• 菊石亞綱（Ammonoidea）†
  • 擬古菊石目（Agoniatitida）
  • 海神石目（Clymeniida）
  • 棱菊石目（Goniatitida）
  • 前碟菊石目（Prolecanitida）
  • 齒菊石目（Ceratitida）
  • 菊石目（Ammonitida）
• 鞘亞綱（Coleoidea）
  • 箭石下綱（Belemnoidea）†
    • 血箭石目（Hematitida）
    • 溝箭石目（Aulacocerida）
    • 閉箭石目（Phragmoteuthida）
    • 箭石目（Belemnitida）
    • 雙箭石目（Diplobelida）
  • 新蛸下綱（Neocoleoidea）
    • 十腕總目 Decapodiformes
      • 目（Boletzkyida）?†
      • 烏賊目（Sepioidea）
      • 耳烏賊目（Sepiolida）
      • 旋烏賊目（Spirulida）
      • 槍形目（Teuthoidea）
        • 開眼亞目（Oegopsida）
        • 閉眼亞目（Myopsida）
    • 八腕總目（Octopodiformes）
      • 八腕目（Octopoda）
        • 有鬚亞目（Cirrata）
        • 無鬚亞目（Incirrata）
      • 幽靈蛸目（Vampyromorpha）
        • 亞目（Kelaenina）?†
        • 原槍形亞目（Prototeuthina）†
        • 中魷亞目（Mesoteuthina）†
        • 幽靈蛸亞目（Vampyromorphina）
      • 口噬目（Trachyteuthis）†

太陽女神螺綱（Helcionelloida）†

• 古鰓亞綱（Archaeobranchia）
  • 太陽女神螺形目（Helcionelliformes）
  • 目（Pelagiellifomes）
• 亞綱（Divasibranchia）
  • 目（Khairkhaniifomes）
• 右鰓亞綱（Dextrobranchia）
  • 目（Onychochiliformes）

竹節石綱（Tentaculita）†

• 竹節石目（Tentaculitida）
• 等環節石目（Homoctenida）
• 珠胚節石目（Dacryoconarida）

可能納入軟體動物門，分類未明確。